Trifunovića se optužuje da je nakon okupacije Tovarnika 20. rujna 1991. sudjelovao u formiranju okupacijskih mjesnih vlasti, a jedno vrijeme, tijekom okupacije, obnašao je i dužnost predsjednika tadašnje mjesne zajednice Tovarnik.
U optužnici se navodi da je okupacijska mjesna vlast u Tovarniku oformljena s ciljem etničkog čišćenja toga mjesta i onemogućavanja života Hrvata i drugih nesrba.
Optužen je da je "sudjelovao u donošenju odluka o provođenju aktivnosti na sustavom fizičkom i psihičkom zlostavljanju civilnog hrvatskog stanovništva prilikom čega je ubijeno 46 osoba poznatog i još šest osoba nepoznatog identiteta".
Tijekom sudskog postupka, koji je počeo u travnju ove godine, optuženi Aleksandar Trifunović izjavio je kako se ne osjeća krivim za ono za što ga se optužuje.
Vijeće Županijskog suda u Vukovaru, kojim je predsjedao sudac Nikola Bešenski, odluku o ukidanju pritvora Trifunoviću donijelo je nakon što je optuženom određeno jamstvo u iznosu 800.000 kuna. Za iznos jamčevine stavljena je hipoteka na nekretnine i poljoprivredne površine u suvlasništvu Aleksandra Trifunovića i njegove supruge Dragice Trifunović.
Trifunović je izjavio da tijekom trajanja sudskog postupka neće pobjeći iz RH te da je i posljednjih deset godina živio na salašu na području RH.
Puštanju optuženoga na slobodu uz određivanje jamčevine usprotivio se zamjenik županijskog državnog odvjetnika Vukovarsko-srijemske županije Emil Mitrovski ocijenivši kako se "težina kaznenog dijela za koje se optužuje Trifunovića ne može uspoređivati s bilo kojom jamčevinom".
Sudski postupak protiv Aleksandra Trifunovića, koji se od sredine ožujka nalazi u Okružnom zatvoru u Osijeku, nastavit će se 6. lipnja na Županijskom sudu u Vukovaru saslušavanjem novih svjedoka.