Bakalli je obnašao visoke dužnosti u nekadašnjem Savez komunista na Kosovu i u Srbiji a bio je i član Centralnog komiteta SKJ. Iz politike se povukao 1981. godine poslije masovnih prosvjeda studenata na Kosovu, nezadovoljan represivnim mjerama koje su tadašnje vlasti provele na Kosovu.
Poslije okončanja oružanih sukoba na Kosovu 1999. godine vratio se u politički život kao član najužeg vodstva stranke Alijanse za budućnost Kosova.
Na prvim parlamentarnim poslijeratnim izborima izabran je za zastupnika kosovske skupštine, a bio je i savjetnik premijera Ramusha Haradinaja i sadašnjeg premijera Agima Qekua. Sudjelovao je u nekoliko misija koje su uzaludno pokušavale zaustaviti albansko-srbijanski sukob na Kosovu i zauzimao se za međunarodnu intervenciju. Bio je i prvi svjedok na suđenju Slobodanu Miloševiću pred Haškim sudom.
Bakalli je bio jedan od najuspješnijih kosovskih političara i uživao je veliki ugled i simpatije građana Kosova.