Rajić (47) je 26. listopada 2005. priznao krivnju za teške povrede Ženevskih konvencija na temelju sporazuma s Tužiteljstvom, kojim je predviđen raspon kazne od 12 do 15 godina zatvora. Sudsko vijeće nije vezano dogovorom optužbe i obrane o visini kazne.
Tužitelj Kenneth Scott u petak je zatražio maksimalnu kaznu prema tom sporazumu, ističući kao otegotne okolnosti za Rajića težinu kaznenog djela odnosno "strašnu prirodu zločina u Stupnom Dolu", optuženikovu zlouporabu vlasti te ranjivost žrtava, jer je među najmanje 37 ubijenih bilo 14 žena i petoro djece, te optuženikovo osmogodišnje skrivanje i ometanje vršenja pravde.
Kao olakotne okolnosti naveo je "Rajićevo priznanje krivnje, koje pomaže utvrđivanju istine i pomirenju među zaraćenim stranama i znatnu suradnju s Tužiteljstvom, koja se nastavlja".
Tužitelj Scott u sudnici je emitirao 12 minutnu video snimku i fotografije spaljenog sela Stupni Do i karboniziranih žrtava, te opisao tijek napada na selo i ubijanje mještana, muškaraca, žena, djece i staraca.
Kazao je kako su optuženi i njegovi nadređeni kasnije poduzeli sve kako bi zataškali zločin, zbog čega je UNPROFOR-u danima priječen ulazak u selo.
Tužitelj je citirao i transkript sa sastanka VONS-a 10. studenoga na kojem je predsjednik RH Franjo Tuđman tražio da se Rajić smijeni te da se objavi kako je otvorena istraga.
Scott je rekao da se Rajić od podizanja optužnice 1995. do uhićenja 2003. skrivao uglavnom u Hrvatskoj uz aktivnu pomoć hrvatskih državnih službi, uz lažne dokumente, uz ostalo na ime Jakov Kovač.
Braniteljica Doris Košta je rekla kako je "Rajić izdao zapovijed za napad na Stupni Do, ali nije htio posljedice koje mu se stavljaju na teret", objasnivši da je došlo do "prekomjerne uporabe sile".
Za sprečavanje UNPROFOR-a, promjenu imena i višegodišnje skrivanja u Hrvatskoj, Košta je rekla da je Rajić to učinio po nalogu nadređenih u HVO-u i vlasti RH, a sam je snosio najteže posljedice.
Zaključila je kako bi pravična kazna za Rajića bila 12 godina.
Sam Rajić u svom obraćanju sudu naglasio da on "nije zapovijedio zločin, niti se on dogodio pod njegovim nadzorom". Zataškavanje zločina i svoje skrivanje, objasnio je zapovjedima koje je dobio od nadređenih i objašnjenja da je to u interesu RH.
Izrazio je žaljenje zbog svih žrtava u Stupnom Dolu i Varešu koje su pale, kako je rekao, "u besmislenom ratu dva prijateljska naroda". Rajić je ponudio ispriku i iskrenu sućut obiteljima žrtava, ističući da žrtve zaslužuju istinu i pravdu, te da je njegovo priznanje "čin odgovornog, a ne slomljenog čovjeka".
Kazao je kako se sukob Hrvata i Muslimana u BiH nije smio dogoditi te da je on osobno učinio sve da zaustavi taj rat, zbog čega je početkom 1993. smijenjen sa svih funkcija. Najveću krivnju za sukob s Muslimanima u srednjoj Bosni pripisao je generalu HVO-a Tihomiru Blaškiću i strukturama oko njega, ustvrdivši kako se "sve odvijalo po odlukama i nalozima Blaškića" i da dvostruka linija zapovijedanja nije postojala, već je naknadno izmišljena.
"Tužiteljstvo poduzima konkretne korake da se demantiraju lažne konstrukcije koje su mu podmetnute ovom sudu, nadam se da ću moći sudjelovati u tome", kazao je Rajić aludirajući na mogućnost da bude svjedok optužbe u eventualnoj reviziji postupka Blaškiću, koju je zatražilo Tužiteljstvo.
Na pitanja sudaca zašto se na priznanje krivnje odlučio tek nakon što je 2005. njegov predmet predložen za ustupanje BiH, Rajić se upustio u opširno objašnjavanje. Kazao je kako je zbog priznanja krivnje i suradnje s Tužiteljstvom u pritvoru ICTY-a izložen prijetnjama i fizičkim napadima, te da su prijetnjama izloženi članovi njegove obitelji i braniteljica Doris Košta, te je od sudskog vijeće zatražio njihovu zaštitu.