Fajon je članica Socijalnih demokrata (SD), koji su u Sloveniji dio vladajuće koalicije premijera Marjana Šareca. Ona je nakon imenovanja izjavila da će ideji Schengenskog prostora bez graničnih kontrola nastojati vratiti "ugled i puno djelovanje", objavila je Slovenska tiskovna agencija STA.
Slovenija je kritična prema već učestalom produžavanju mjera granične kontrole unutar Schengena, uvedenom nakon masovne migrantske krize 2015., osobito zato jer to čini susjedna Austrija na graničnim prijelazima sa Slovenijom, čime se usporava promet ljudi, dobara i kapitala.
Fajon je u izjavi nakon izbora kazala da je krajnje vrijeme da se unutarnje kontrole unutar schengenskog prostora ukinu, jer njihovo produžavanje nije utemeljeno te ugrožava ideju Schengena.
Kako navodi slovenska agencija, Fajon je najavila da će se njena grupa u odboru za pravosuđe posvetiti i ispunjavanju uvjeta za ulazak u Schengen kad se o tome bude odlučivalo te da će u svom radu surađivati s nadležnom povjerenicom Europske komisije Ylvom Johansson.
Fajon je, zajedno s više članova Europskog parlamenta iz Slovenije koji su članovi stranaka vladajuće koalicije, u listopadu pisala pismo Europskoj komisiji u kojemu se tražilo da Europska komisija u prijašnjem sastavu, koju je vodio Jean Claude Juncker, odgodi donošenje odluke o tome ispunjava li Hrvatska tehničke kriterije za Schengen te je dovedeno u pitanje hrvatsko ispunjavanje tehničkih uvjeta.
Junckerova komisija je, na jednoj od svojih zadnjih sjednica, odlučila da je Hrvatska ispunila sve tehničke uvjete za Schengen.
O samom pristupanju Schengenu neke od članica EU-a odlučuje Europsko vijeće, a za potvrdu je potrebna politička suglasnost čelnika svih država članica.