Hercegovačka je banka bila dobila privremenu upravu nedugo nakon pokretanja projekta hrvatske samouprave, kojim je HDZ BiH nastojao osporiti tadašnju vlast u BiH.
Kako je u četvrtak priopćila FBA, tijekom privremene uprave poduzimani su napori na očuvanju imovine i iznalaženju potencijalnog investitora za prodaju, spajanje, pripajanje ili dokapitalizaciju banke.
"Budući banka u proteklom razdoblju nije ispunila minimalne zakonske uvjete za poslovanje, Agencija za bankarstvo FBiH ukinula je bankarsku dozvolu za rad Hercegovačke banke d.d. Mostar, otvorila postupak likvidacije i za likvidacijskog upravitelja imenovala Nikolu Fabijanića", navodi se u priopćenju Agencije za bankarstvo Federacije BiH.
Privremena uprava u Hercegovačku banku d.d. Mostar uvedena je Odlukom Visokog predstavnika za Bosnu i Hercegovinu Wolfganga Petritscha 5. travnja 2001.godine i za privremenu upraviteljicu imenovana je Toby Robinson. Potkraj 2006. okončan je njezin mandat.
Za navodne zloporabe u Hercegovačkoj banci i pronvjere proračunskog novca iz Republike Hrvatske, koji je stizao za Hrvate u BiH, vođen je sudski postupak protiv bivšeg člana predsjedništva BiH i predsjednika HDZ-a BiH Ante Jelavića. On je prvostupanjskom odlukom suda osuđen na desetogodišnju zatvorsku kaznu, nakon čega se sklonio u Hrvatsku.
Prizivno vijeće Suda BiH poništilo je tu presudu i naložilo novo suđenje, koje nikada nije nastavljeno. HDZ BiH je 3. ožujka 2001. proglasio Hrvatsku samoupravu u BiH kojom je nastojao osporiti vlast u BiH, a sumnjalo se da je novac za financiranje vojnika u okviru vojske BiH koji su bojkotirali tu vlast stizao iz poduzeća u vlasništvu Hercegovačke banke.