U riječima dobrodošlice rektor HKS-a Željko Tanjić rekao je da "HKS želi studentima ponuditi programe koji omogućuju razvoj talenata i cjelovite osobnosti te uključivanje u suvremene tijekove hrvatske, europske i svjetske znanosti, temeljeći svoj identitet na katoličkoj baštini, životu i misli".
Na HKS-u trenutačno se izvodi studij povijesti pokrenut akademske 2010./2011. godine na koji će se u nadolazećoj akademskoj godini (2012./2013.) upisati treća generacija studenata, s pridružit će im se i prvi studenti dvaju novopokrenutih studija - sociologije i psihologije.
Ti su studiji približeni posjetiteljima, kojih je bilo oko petsto, na radionicama - "Povijesni dokumenti - putovanje kroz vrijeme", "Kako se društvo istražuje?" i "Psihologija radionica".
Kako ističu na HKS-u, studij povijesti na njihovu sveučilištu, razlikuje se od studija na drugim hrvatskim sveučilištima po tomu što, po uzoru na neke europske zemlje, poput Francuske, studenti najprije uče noviju povijest, a njegova posebnost vidljiva je i na diplomskoj razini na kojoj mogu birati između pet različitih vrsta specijalizacija.
Studij sociologije rađen je po uzoru na svjetska sveučilištima kao što su Oxford, Cambridge, London School of Economics, Trento, Bielefeld i Catholique de Louvain, a studij psihologije bit će usmjeren i na donedavno zanemarivane teme u psihologiji kao što su ljudska sreća, dobrobit i naglašavanje svrhovitosti života, a posebna pozornost bit će usmjerena suvremenim spoznajama odnosa vrednota stavova i ponašanja te odnosa vrednota kulture i identiteta.
Održane su i studentska radionica - "Pišite zaboravljenim pismima - glagoljica i hrvatska ćirilica" te izložbe akademskoga slikara Josipa Biffela, studentskih radova pod nazivom "Srednjovjekovna svakodnevica i srednjovjekovna kuharica ", kao i mini izložba "Studentski život na HKS-u".
Hrvatsko katoličko sveučilište sa sjedištem u Zagrebu osnovano je 3. lipnja 2006. Sporazum o zamjeni nekretnina između Zagrebačke nadbiskupije i Vlade Republike Hrvatske potpisan je 6. lipnja iste godine i njime je Nadbiskupija stupila u posjed prostora i zgrade bivše vojarne na zagrebačkome Črnomercu. Ministarstvo znanosti, obrazovanja i športa je 3. srpnja 2008. izdalo HKS-u dopusnicu za obavljanje sveučilišne djelatnosti i za izvođenje studija psihologije, sociologije i povijesti.