Onečišćenost voda, prekomjerni izlov, gubitak staništa i strane vrste koje su uvedene u okoliš su glavni krivci za pad broja spomenutih vrsta. Najnoviji podaci temelje se na izučavanju oko 6.000 vrsta. Na europskoj "Crvenoj listi ugroženih vrsta" nalazi se 44 posto rječnih školjkaša, 37 posto rječne ribe, 23 posto vodozemaca, 19 posto gmazova, 15 posto sisavaca i vretenaca te 13 posto ptica.
Komisija također upozorava i na ugroženost 467 biljnih vrsta, uključujući divlje vrste šećerne repe, pšenice, zobi i salate, ističući da su te vrste "ključne za sigurnost hrane, ali ipak potpuno zanemarene u smislu zaštite".
"Dobrobit naroda Europe i diljem svijeta ovisi o dobrima i uslugama koje pruža priroda. Ukoliko se ne pozabavimo uzrocima smanjenja broja vrsta i to ne zaustavimo, uistinu bi mogli platiti veliku cijenu", upozorava europski dužnosnik zadužen za okoliš Janez Potočnik.
Paul de Zylva, stručnjak za biološku raznolikost iz udruge "Prijatelji Zemlje" tvrdi da su "naši vodeni resursi pokazatelj da li nam funkcionira politika zaštite okoliša". Na zaštiti područja divljine u EU radi mreža Natura 2000, a među uspješnim je pričama biljka s Korzike Centranthus trinervis (ostrugica), kopneni puževi na Madeiri i povratak vidre u rijeke i potoke Velike Britanije.
Prema podacima Državnog zavoda za zaštitu prirode, u slatkim vodama u Hrvatskoj živi oko 150 vrsta riba. Bogatstvo vrsta, posebno endema, svrstava Hrvatsku među ihtiološki najbogatije europske zemlje, a posljedica je njezina geografskoga položaja na dva slijeva. Crnomorski (dunavski) slijev obuhvaća 62 posto teritorija Hrvatske, a nastanjuje ga 83 vrsta riba, dok Jadranski slijev, na samo 38 posto teritorija, nastanjuje čak 86 vrsta. Na žalost, zbog sve naglašenijega djelovanja čovjeka na slatkovodne sustave, slatkovodne su ribe među najugroženijim skupinama kralješnjaka. Šest je vrsta već nestalo iz hrvatskih vodotoka (jesetra, sim, pastruga, atlantska jesetra, moruna i gatačka gaovica), a 61 ih je, prema kriterijima IUCN-a (Svjetska udruga za zaštitu prirode), pred izumiranjem.
Pastrva zlousta (Salmothymus obtusirostris krkensis) iz rijeke Krke, koja dugo nije bila viđena u našim vodama, ponovno je zapažena u travnju 2011. u jezeru Brljan.