Alia je umro u petak ujutro u bolnici u Tirani zbog komplikacija što ih je prouzročila embolija pluća, a u nedjelju prije pokopa lijes je bio izložen u državnoj ustanovi u Tirani gdje su mu građani mogli odati počast.
Niti vođa desnice, sadašnji premijer Sali Berisha, a ni Edi Rama, čelnik stranke socijalista, nasljednice albanske komunističke stranke, nisu mu odali počast.
Sućut Alijevoj obitelji u subotu je dala 90-godišnja Nexhmije Hoxha, udovica bivšeg albanskog diktatora Envera Hoxhe, koji je umro 1985., pošto je desetljećima čvrstom rukom vodio Albaniju nakon Drugoga svjetskoga rata.
Ostavku na dužnost Alia je podnio tek u travnju 1992., nakon uvjerljive pobjede demokratske oporbe predvođene Salijem Berishom na prvim parlamentarnim izborima. Od kraja 1992. bio je u kućnom pritvoru, godinu poslije je službeno uhićen, a u srpnju 1994. osuđen je na devetogodišnji zatvor zbog "zlouporabe ovlasti" i "kršenja ljudskih prava". Kazna je nakon žalbe smanjena na pet godina, a u srpnju 1995. je pomilovan i oslobođen.