Čović je time ponovo optužen da je pogodovao tvrtki "Lijanovići" iz Širokog Brijega, kada ju je posebnom odlukom iz 2000. godine oslobodio plaćanja uvoznih pristojbi na sirovine za mesne prerađevine.
Na ovaj način, navodi se u optužnici, "Lijanovići" su protupravno prihodovali 120 tisuća konvertibilnih maraka (oko 60 tisuća eura) a proračun Federacije BiH oštećen je za iznos veći od milijun i 700 tisuća konvertibilnih maraka (oko 850 tisuća eura).
Čoviću je po istoj optužnici zajedno s braćom Ivanković-Lijanović već suđeno pred sudom BiH. Lijanovići su u u prvostupanjskom postupku oslobođeni a Čović je osuđen na pet godina zatvora.
Prizivno vijeće suda BiH tu je presudu Čoviću poništilo, odlučivši istodobno kako državni sud nije nadležan za taj slučaj pa ga je po načelu teritorijalne odgovornosti prebacio na Županijski sud u Sarajevu.