Haaški je sud izrekao šest pravomoćnih presuda pa su tako druga dvojica vođa samoproglašene tvorevine pobunjenih Srba, Milan Martić i Milan Babić, osuđeni na 35 odnosno na 13 godina zatvora.
Bivši predsjednik RSK Milan Babić, Hadžićev prethodnik na toj funkciji, pokajao se i priznao krivnju za djelo progona Hrvata s okupiranih područja Hrvatske te je 2005. proglašen krivim i osuđen na 13 godina zatvora, no ubio se u zatvoru pola godine nakon izricanja presude.
Martić je pak osuđen 2008. za brojne zločine na području tzv. SAO Krajine, kao i za raketiranje Zagreba na 35 godina zatvora i svoju kaznu služi u Estoniji.
U predmetu "Vukovarska trojka", koji je u Hrvatskoj izazvao snažne negativne reakcije zbog blagih kazni, oficir za sigurnost 1. gardijske motorizirane brigade i Operativne grupe Jug Veselin Šljivančanin osuđen je na 10 godina za pomaganje u zločinu na Ovčari i prošlog je mjeseca pušten na slobodu nakon odsluženja dvije trećine kazne. Njegov nadređeni, general Mile Mrkšić, zapovjednik 1. gardijske motorizirane brigade i Operativne grupe Jug osuđen je na 20 godina zatvora i čeka na prebacivanje u državu u kojoj će izdržavati kaznu, dok je trećeoptuženi iz toga predmeta, kapetan JNA Miroslav Radić, oslobođen krivnje.
Bivši gradonačelnik okupiranog Vukovara Slavko Dokmanović svoju presudu za pokolj na Ovčari nije dočekao jer je preminuo u haaškom pritvoru još 1998. godine.
Za granatiranje Dubrovnika na sedam godina 2005. osuđen je zapovjednik 9. vojnopomorskog sektora (VPS) Jugoslavenske ratne mornarice Miodrag Jokić, koji je već odslužio kaznu i pušten je na slobodu.
Haag je odustao od suđenja zapovjedniku 3. bataljuna Trebinjske brigade JNA Vladimiru Kovačeviću Rambu zbog njegove psihičke bolesti te je on nakon toga prebačen u Srbiju.
Zapovjednik 2. operativne grupe JNA general Pavle Strugar za napad na Dubrovnik osuđen je na 7,5 godina zatvora i također je pušten na slobodu nakon odsluženja dvije trećine kazne, dok je optužnica za Dubrovnik protiv njegova suoptuženika, zapovjednika ratne mornarice JNA admirala Milana Zeca, povučena 2002. godine jer je tužiteljstvo zaključilo da nema dovoljno dokaza.
Pred Haaškim sudom traje suđenje prvim ljudima srbijanske Službe državne sigurnosti - načelniku SDB-a Jovici Stanišiću i njegovu suradniku, bivšem zapovjedniku jedinice za specijalne operacije SDB-a Frenkiju Simatoviću, za zločine protiv čovječnosti i povrede ratnog prava i običaja počinjene na području Hrvatske i BiH progonom, ubojstvima, deportacijama i drugim nečovječnim djelima. Zločine su počinile jedinice SDB-a, odnosno postrojbe i paravojne formacije koje je stvorila SDB ili je pomogla njihovu stvaranju. Među tim postrojbama su i "Crvene beretke", "Škorpioni", Arkanovi "Tigrovi", "Knindže", pripadnici Martićeve policije, kao i milicija tzv. SAO Slavonije, Baranje i zapadnog Srijema.
U Haagu traje i suđenje lideru srpskih radikala Vojislavu Šešelju optuženom, uz zločine na području BiH i protiv vojvođanskih Hrvata, i za progon hrvatskih civila. Šešelja se tereti da je govorima mržnje svoje paravojne postrojbe poticao na zločine protiv hrvatskih civila najvećim dijelom u istočnoj Hrvatskoj.
Uskoro se očekuje i presuda protiv bivšeg načelnika Glavnog štaba Vojske Jugoslavije generala Momčila Perišića koji je, osim za zločine u BiH, optužen i za granatiranje Zagreba.
Bivši jugoslavenski predsjednik Slobodan Milošević, koji je u brojnim optužnicama naveden kao prvi čovjek udruženog zločinačkog pothvata cilj kojeg je bilo etničko čišćenje okupiranih dijelova Hrvatske radi stvaranja velike Srbije, nije dočekao presudu za zločine u Hrvatskoj jer je preminuo tijekom suđenja u haaškom pritvoru 2006. godine.
Haški sud podigao je za zločine na području bivše Jugoslavije optužnice protiv ukupno 161 osobe.