Bagapš je umro u bolnici u Moskvi od posljedica operativnog zahvata na plućima. Svoj drugi petogodišnji petogodišnji mandat osvojio je na izborima 2009. godine, koje Gruzija nije priznala.
Abhazija je 1992. proglasila neovisnost od Gruzije, koju priznaju jedino Moskva i još svega nekoliko zemalja. Nakon kratkog rata s Gruzijom 2008. godine, Rusija se brinula za sigurnost Abhazije i druge odmetnute pokrajine Južne Osetije.
Bagapša će na dužnosti privremeno zamijeniti potpredsjednik Aleksandar Ankvab.