Pravila Haaškoga suda omogućavaju optuženima da, nakon što tužitelji izvedu svoje dokaze, podnesu zahtjev za odbacivanjem optužnice i objasne sudskom vijeću zbog čega misle da tužitelji nisu dokazali njihovu odgovrnost.
Optužnica u pet točaka tereti Stanišića i Simatovića za zločine protiv čovječnosti i povrede ratnog prava i običaja počinjene na području Hrvatske i BiH progonom, ubojstvima, deportacijama i drugim nečovječnim djelima. Optuženi su za sudjelovanje u udruženom zločinačkom pothvatu kojemu je cilj bio uklanjanje većine nesrba s velikih dijelova Hrvatske te BiH od 1991. do 1995. U tom pothvatu bili su uz dvojicu optuženih bivši jugoslavenski predsjednik Slobodan Milošević te vođe bosanskih i hrvatskih Srba Ratko Mladić, Radovan Karadžić, Biljana Plavšić, Milan Martić, Goran Hadžić i Milan Babić, vođa srpskih radikala Vojislav Šešelj i zapovjednik paravojnih posrojbi Željko Ražnatović Arkan.
Stanišića i Simatovića optužnica tereti za zločine koje su u Hrvatskoj i BiH počinile jedinice SDB-a, odnosno postrojbe i paravojne formacije koje je stvorila SDB ili je pomogla njihovu stvaranju. Među tim jedinicama su i "Crvene beretke", "Škorpioni", Arkanovi "Tigrovi", "Knindže", pripadnici Martićeve policije, kao i milicija tzv. SAO Slavonije, Baranje i zapadnog Srijema.
Oni su, kako se navodi u optužnici, pomogli da se otvori centar za obuku tih jedinica u Golubiću kod Knina a kasnije i drugi centri za obuku po Hrvatskoj i BiH.
Prema optužnici oni su "rukovodili finaciranjem, obukom, logističkom podrškom i drugim vrstama značajne pomoći i podrške specijalnim jedinicama državne sigurnosti Republike Srbije i drugim srpskim snagama koje su sudjelovale u zločinima u Hrvatskoj i BiH". Među zločinima koji su počinjeni na području Hrvatske nad civilima i zarobljenicima optužnica navodi niz ubojstava počinjenih tijekom 1991. na području Dubice, Cerovljana, Baćina, Saborskog, Škabrnje, Bruške, Dalja i Erduta te od 1992. do 1995. godine u Bijeljini, Zvorniku, Bosanskom Šamcu, Doboju i Sanskom mostu. Naknadnim proširenjem optužnice u ožujku 2006. njih se dvojicu dodatno tereti za likvidaciju šestorice Bošnjaka iz Srebrenice koje su 1995. počinili "Škorpioni" koji su svoje zlodjelo zabilježila video-kamerom.
Tužitelji su tijekom svoga dokaznog postupka izveli 62 svjedoka. Suđenje je počelo u proljeće 2008., ali je često prekidano zbog Stanišićevih bolesti, uključujući depresije. Na suđenju su o moći i utjecaju dvojice na događaje u Hrvatskoj i BiH uz vještake i žrtve među kojima i one iz Erduta, Dalja i Bruške, svjedočili i brojni pripadnici specijalnih postrojbi pod kontrolom SDB-a.
Kao dokaz uvedena su i svjedočenja pokojnog predsjednika tzv. RSK Milana Babića sa više haaških suđenja koji je spominjao i dvojicu optuženih, a koji je potvrđivao tužiteljsku tezu o sudjelovanju dvojice u udruženom zločinačkom pothvatu. Milan Babić je nakon što je priznao krivnju osuđen na 13 godina zatvora ali se 2006. ubio u haškom pritvoru.
Na suđenju su kao dokazi uvedeni i dijelovi audio zapisa i dnevnika zapovjednika vojske bosanskih Srba Ratka Mladića koji pokazuju da je postojala tijesna suradnja sudionika udruženog zločinačkog pothvata u ostvarivanju zločinačkih ciljeva pothvata.
Dokumenti JNA koje je tužiteljstvo uvelo u spis pokazuju kako je SDB među ostalim regrutirao Dragana Vasiljkovića, poznatoga kao kapetana Dragana kojeg Hrvatska traži od Australije i kako je uvježbavao srpske dobrovoljce odnosno specijalce na području Knina i bio u kontaktu sa Simatovićem. Prema dokumentima JNA pod kontrolom SDB-a Srbije bile su i druge jedinice na području Hrvatske i BiH poput Arkanovih paravojnih postrojbi. Svjedoci insajderi opisali su kako su Stanišić i Simatović obilazili logore za obuku u Hrvatskoj i najavljivali njihove akcije u BiH.
Branitelji optuženih odricali su svaku kontrolu Stanišića i Simatovića nad tim jedinicama. Obojica su uhićena u policijskoj operaciji "Sablja" u ožujku 2003., poslije atentata na srbijanskog premijera Zorana Đinđića.