Ravnateljica ERI SEE Agencije je Aspasija Hadžišče (dosadašnja državna tajnica u Ministarstvu obrazovanja i nauke Makedonije), a predsjednik Upravnog vijeća je pomoćnik ministra znanosti, obrazovanja i športa RH za međunarodnu suradnju Radovan Fuchs.
Agencija djeluje u sklopu Radne skupine za obrazovanje i mladež Pakta o stabilnosti.
To što je Pakt o stabilnosti izabrao Hrvatsku za sjedište Agencije dokaz je iskazanom povjerenju onome što je Hrvatska do sada učinila na području prilagodbe svojih obrazovnih politika s onima iz EU, smatraju u Ministarstvu znanosti, obrazovanja i športa.
Radovan Fuchs novinarima je izjavio da je u području znanosti i obrazovanja Hrvatska vodeća zemlja jugoistočne Europe. Hrvatska nema problema u harmonizaciji sa stečevinom EU, a u sistemu obrazovanja izgradila je model koji želi prenijeti i na druge zemlje u regiji, istaknuo je Fuchs.
Agencija je nastala na temelju Memoranduma o suglasnosti iz Nikozije koji su tijekom 2003/2004. potpisali ministri obrazovanja Albanije, BiH, Bugarske, Crne Gore, Kosova (UNMIK), Hrvatske, Makedonije, Moldove, Rumunjske i Srbije.
Potpisivanjem memoranduma prihvatili su regionalnu suradnju s ciljem usklađivanja svojih obrazovnih sustava s onima iz Europske unije, posebice s Lisabonskom strategijom te "Obrazovanjem i izobrazbom 2010".