U prvim reagiranjima, bošnjački dužnosnici i predstavnici nevladinih udruga iskazali su duboko razočaranje činjenicom da je bivši bliski suradnik Radovana Karadžića oslobođen optužbi koje su ga teretile za genocid.
Predsjedatelj Predsjedništva BiH Sulejman Tihić izrazio je žaljenje jer Krajišnik nije osuđen i za taj najteži oblik ratnog zločina no izrazio je nadu da će se to promijeniti u drugostupanjskom postupku.
Pravda je, kako je izjavio Tihić, ipak dijelom zadovoljena tim prije što je presuda pokazala da su vlasti i institucije Republike Srpske sudjelovale u zločinačkom pothvatu odnosno u ubojstvima i progonima nesrpskog stanovništva.
"Iz ove presude jasno proistječe da je entitet RS nastao zločinačkim pothvatom", Tihićevo je stajalište.
I predsjedatelj Vijeća ministara BiH Adnan Terzić ocijenio je nelogičnim da vijeće koje je sudilo Krajišniku nije moglo prihvatiti dokaze o njegovu sudjelovanju u genocidu kada su oni izneseni u nizu drugih predmeta.
"Ta je kategorija (genocid) na duši Krajišniku", kazao je Terzić.
Ravnatelj Instituta za nestale osobe Amor Mašović izjavio je da je "šokiran" presudom Krajišniku.
"Očito je da je genocid počinjen i o tome već postoje presude... Masovne grobnice, mezarja i stratišta svjedoče o tome da se genocid desio i da je Krajišnik bio jedan od onih koji su ga osmislili. Ostat će tajna kako to nije bilo jasno prvostupanjskom vijeću Trubunala", kazao je Mašović a prenosi agencija ONASA.
Predsjednik bošnjačkog Saveza logoraša Murat Tahirović izjavio je da je odgovornost za genocid u Krajišnikovu slučaju "svjesno izbjegnuta".
"To je dokaz da Haški tribunal nije odgovorio zadaći koju je imao", kazao je Tahirović ustvrdivši da ICTY služi međunarodnoj zajednici kao sredstvo minimiziranja zločina počinjenih u BiH.
Dužnosnici iz Republike Srpske i predstavnici najutjecajnijih stranaka iz tog entiteta zadovoljni su činjenicom da je Krajišnik oslobođen optužbe za genocid no ne i visinom izrečene kazne.
Zamjenik predsjednika Srpske demokratske stranke (SDS) Mladen Bosić izjavio je u Banjoj Luci da je odbacivanje dijela optužbe za genocid "velika Krajišnikova pobjeda".
Dodao je međutim da je presuda od 27 godina zatvora "šokantna" i "pravno neutemeljena" jer on (Krajišnik) nije osobno odgovoran ni za jedan zločin.
Ocjenu da je dobro to što Krajišnik nije osuđen za genocid dijeli i predsjednik Narodne skupštine RS i visoki dužnosnik vladajuće Stranke nezavisnih socijaldemokrata (SNSD) Igor Radojičić no on također tvrdi da je presuda Krajišniku još jedan dokaz pristranosti Haškog tribunala.
"Visoki srpski dužnosnici uvijek su dobivali visoke kazne, hrvatski nešto manje a bošnjačkih dužnosnika i lidera gotovo da i nema u Den Haagu", kazao je Radojičić novinarima.
On je također ustvrdio da je izricanje presude Krajišniku tri dana uoči izbora u BiH "svojevrsna provokacija" i "vjetar u leđa bošnjačkim nacionalistima i s obzirom na visinu i s obzirom na sadržaj presude".