Prema njegovim riječima, još u svibnju 1992. godine Hrvatska zajednica Herceg Bosna preuzela je svu vlast u Mostaru, vojnim pučem HVO-a koji je imao i vojnu i civilnu vlast.
"To je zahvatilo sve segmente društva, zdravstvo, školstvo....muslimani su morali prisegnuti na odanost Herceg Bosni ako su željeli zadržati svoje urede, ordinacije....", rekao je Smajkić.
"Sa sveučilišta su potjerani muslimanski profesori i čistačice pa je ono pretvoreno u čisto hrvatsko sveučilište", istaknuo je mostarski muftija dodavši da je u tome važnu ulogu imao suoptuženi Jadransko Prlić, kao tadašnji sveučilišni profesor i jedan od političkih čelnika bosanskih Hrvata.
Govoreći o mostarskim prilikama u ljeto 1993. godine, Smajkić je ustvrdio da je između 200 i 300 muslimana iz grada otpremljeno u logore HVO-a u Dretelju i Gabeli, među njima i nekoliko njegovih suradnika, vjerskih službenika.
U posebnom sjećanju ostao mu je događaj od 9. svibnja 1993. godine kada su, prema njegovim riječima, snage HVO-a iz istočnog u zapadni dio Mostara protjerale tisuće muslimana s djecom.
"Bili su bez igdje ičega, uplakani. Čula se cika, plač, izbezumljenost", rekao je Smajkić dodavši da je izbjegličku kolonu pratila pucnjava iz okolnih zgrada i s brda Hum, koja je kolonu usmjeravala prema istočnom Mostaru.
Taj dio grada, nastanjen pretežito muslimanima nazvao je "predgrađem pakla", jer je bio izloženoj danonoćnoj snajperskoj i topničkoj vatri HVO-a. "Nema nijedne džamije u gradu koja nije uništena", naglasio je Smajkić koji je odbacio tvrdnje da su se muslimanski vjerski objekti koristili u vojne svrhe.
Šestorica bivših političkih i vojnih čelnika Hrvata iz BiH - bivši premijer i predsjednik HR HB Jadranko Prlić, ministar obrane Bruno Stojić, ministar policije Valentin Čorić, zapovjednici HVO-a generali Milivoj Petković i Slobodan Praljak, te šef uprave zatvora i logora HVO-a Berislav Pušić, optuženi su za ratne zločine počinjene u kampanji progona bošnjačkog i drugog nehrvatskog stanovništva s područja HR Herceg Bosne tijekom hrvatsko-bošnjačkog sukoba 1993./94. godine.
Svjedočenje mostarskog muftije Seida Smajkića nastavlja se u četvrtak kada će ga protuispitivati branitelji optuženih.