Perešin je 15. listopada 1991. godine napustio Jugoslavensko ratno zrakoplovstvo i MIG-om 21 prebjegao u austrijski grad Klagenfurt, a zatim se uključio u Domovinski rat.
Poginuo je godine 1995. u vojno-redarstvenoj akciji Bljesak. Zrakoplov, pogođen na graničnom području s BiH, pao je kod Bosanke Gradiške. Posmrtni ostaci su dvije godine poslije prevezeni u Hrvatsku.
U Gornjoj Stubici, rodnome mjestu Rudolfa Perešina, općinski park nosi njegovo ime,a u parku je postavljeno njegovo spomen- poprsje i kopija MIG-a 21.
Nakon svečanog otvorenja, Gornju Stubicu nekoliko je minuta nadlijetao MIG 21 kojim je upravljao pukovnik Hrvatskoga ratnog zrakoplovstva Ivica Ivandić. Priređen je i bogat program s ultralakim letjelicama, helikopterima, paraglajderima, zračnim traktorima i balonima te padobranskim skokovima.