Na prvostupanjsku presudu Stakiću (44), koju je nakon 150 dana suđenja 31. srpnja 2003. izreklo vijeće pod predsjedanjem suca Wolfganga Schomburga, žalile su se obje strane.
Branitelji su isticali da je kazna "nerazmjerna" u odnosu na dotadašnju praksu ICTY-a i preoštra s obzirom na okolnosti, dok se optužba žalila zato što djela nisu kvalificirana kao genocid.
U listopadu 2005. održana je trodnevna žalbena rasprava na kojoj je optužba dokazivala da su srpske vlasti na čelu sa Stakićem etničko čišćenje na području Prijedora provele s "genocidnom namjerom" uništenja drugih etničkih skupina.
U napadima i progonu ubijeno je oko 3.000 Bošnjaka i Hrvata, posebno u koncentracijskim logorima Omarska, Keraterm i Trnopolje. Vijeće je utvrdilo je odgovornost Stakića za 1.500 ubojstava, pri čemu je poimence navedeno 486 žrtava.
Obrana je navela brojne primjere pogrešno utvrđenog činjeničnog stanja i pogrešne primjene prava u presudi Schomburgova vijeća.
Milomir Stakić jedan je od osmorice optuženika ICTY-a osuđenih za ratne zločine u Prijedoru. Ostali su većinom bili zapovjednici i stražari u spomenutim logorima - Damir Došen (5 godina); Darko Mrđa (17 godina); Dragoljub Prcać (5 godina); Mlađo Radić (20 godina); Duško Sikirica (15 godina); Duško Tadić (20 godina) i Zoran Žigić (25 godina zatvora).