Izmjene predviđaju jednake uvjete za građane EU kada se upisuju na hrvatska sveučilišta (kada Hrvatska postane punopravna članica EU), a usklađuju se i propisi koji se tiču državnih potpora u visokom obrazovanju.
Predviđa se i da u sustav visokog obrazovanje uđe i vojno i policijsko obrazovanje, koja su danas isključivo vezana za stručne studije izvan sveučilišta.
Vlada predlaže i da postupak vrednovanja znanstvenih organizacija bude obveza za sve znanstvene organizacije i visoka učilišta kojih je osnivač država, a da se sudska registracija tih institucija provodi samo na temelju dopusnice koju izdaje resorno ministarstvo.
Izmjenama bi se zabranilo preskakanje reda radnih mjesta kod izbora u znanstvena radna mjesta, a sveučilišni profesori i znanstveni savjetnici mogli bi, nakon navršenih 65 godina, temeljem ugovora o radu nastaviti raditi i u drugim, ne samo matičnim institucijama.
Ivo Josipović (SDP) drži da će takva odredba diskriminirati i u napretku onemogućiti mlađe kadrove na sveučilištima, te najavio amandman po kojemu bi se ta odredba ograničila samo na visoke škole i veleučilišta, a ne bi vrijedila za sveučilišta.
Isto misli i Doroteja Pešić-Bukovac (IDS), koja Vladi zamjera da se kod izrade zakona nije savjetovala s akademskom zajednicom, kao i da, pod krinkom usklađivanja s propisima EU, mijenja zakone po hitnom postupku, iako bi ih, smatra, bilo nužno raspraviti u redovnoj proceduri.
Jozo Radoš (HNS) usprotivio se odredbi po kojoj se izbor znanstvenih novaka može obaviti bez javnog natječaja, te se zauzeo da kod izbora u znanstvena zvanja ne smije biti razlike u privatnim i javnim znanstvenim organizacijama.
Predložio je i promjenu načina izbora članova nacionalnih vijeća za znanost te za visoko obrazovanje, ocijenivši da u izboru previše sudjeluje politika, a premalo kvaliteta kadrova i struka.