Na natječaj u 2006. bila su prijavljena 2732 projekta, od kojih su nakon postupka vrjednovanja prihvaćena 1994 ili 73 posto, za što je u državnom proračunu osigurano 142,5 milijuna kuna, što je povećanje za 48,7 milijuna u usporedbi s 2002.
Osim pritužaba znanstvenika čiji projekti nisu prošli veći broj prigovora bio je na navodno male novčane svote koje su odobrene za pojedini projekt.
Državni tajnik u Ministarstvu znanosti Dražen Vikić Topić kaže da Ministarstvo niti je utjecalo niti se miješalo u kriterije vrjednovanja projekata, već su o tome odlučivale isključivo prosudbene skupine sastavljene od znanstvenika koje su unaprijed zadale kriterije po kojima će se vrjednovati projekti.
Smanjenje novca po projektu posljedica je prevelika broja projekata koji su prošli vrjednovanje, ali i činjenice, kako ističe Topić, što je u završnom izvješću za razdoblje od 2002. do 2005. uočeno da se mimo dogovorenih kriterija novac za većinu projekata uglavnom trošio na putovanja i honorare, pa se novac dobiven za projekt pretvorio u dodatak na plaću.
"U pravilu više od 30 posto, a neki i više od 70 posto odobrena novca trošili su na autorske honorare. Takvu nedisciplinu odlučili smo prekinuti", izjavio je državni tajnik, objasnivši kako se po novim ugovorima za režijske troškove i honorare, i to isključivo za vanjske suradnike projekta, može potrošiti najviše do po 15 posto te na putovanja do 30 posto novca dobivenih za projekt.
"Projekti nisu predviđeni da se na njima zaradi, već obratno, da se radom na projektu potvrdi plaća koju znanstvenici zarađaju na institutima i fakultetima", izjavio je državni tajnik, dometnuvši da usprkos činjenici što je u pojedinim znanstvenim područjima prosječna svota za projekte pala na 35 tisuća kuna, one u šest znanstvenih područja u prosjeku dosežu 71 tisuću kuna na godinu.
Najavivši odlučan nadzor u provedbi projekata i trošenja novca, Topić je podsjetio kako je nakon vrjednovanja u 2005. bilo prekinuto financiranje 87 projekata iz proteklog razdoblja, na čemu se dobilo gotovo četiri i pol milijuna kuna, što je utrošeno na povećano financiranje uspješnih projekata.
"Prekid financiranja projekta za sada je najveća kazna koja se nekom znanstveniku može dogoditi", izjavio je, dodavši kako se još nije razmatrala mogućnost povrata novca. Napomenuo je da projektna neproduktivnost onemogućuje znanstveno napredovanje, a to se uzima u obzir u vrjednovanju na novim natječajima za projekte.