Najskuplje Dinamovo ovogodišnje pojačanje uskoro očekuje još jedna operacija koljena i za njega je ova sezona bila završena. Svjestan kako ga očekuje dugotrajan oporavak Nowotny se odlučio na odlazak u mirovinu.
"Kada dođe kraj onda je kraj. Jednom se i to moralo dogoditi. Posljednja ozljeda koljena je samo ubrzala moj oproštaj," kazao je Nowotny u razgovoru za njemački "Kicker", dodavši kako se od svog posljednjeg kluba Dinama rastao na prijateljski način i bez ikakvih repova.
Nowotny je za Dinamo odigrao tek 11 utakmica, a prvi put koljeno je ozlijedio prošlog kolovozu protiv Međimurja. Nedavno se ponovo požalio na bolove u koljenu što ga je opet udaljilo s terena. Posljednji put za "Modre" je nastupio 2. prosinca u gradskom derbiju protiv Zagreba (2:1), što će mu biti i posljednja službena utakmica u karijeri.
"Nakon 15 godina igranja ne žalim niti za jednim svojim potezom. Imao sam sjajnu karijeru, a vrhunac sam doživio na posljednjem Svjetskom prvenstvu gdje je njemačka reprezentacija osvojila treće mjesto," dodao je Nowotny koji je u dresu "Elfa" odigrao 48 utakmica i postigao jedan pogodak.
Nowotny je karijeru započeo u Karlsruheru u čijim redovima je proveo pet sezona (1991-1996), a potom je deset sezona igrao za Bayer Leverkusen. S "Apotekarima" je imao ugovor do 2008. godine ali se zbog novačanih potraživanja, liječenja i rehabilitacije, te sudskog procesa ranije rastao od Bayera uz otpremninu od 4.9 milijuna eura. Bivši klub odmah mu je isplatio četiri milijuna, a ostatak će dobiti u iduće dvije godine. U Bundesligi je ukupno odigrao 231 utakmicu i postigao četiri pogotka.