Po njegovim riječima, uništavanje židovskih kuća, obrta i sinagoga uz blagoslov države u noći 9. studenoga 1938., tijekom koje je ubijeno više desetaka židova, obilježilo je početak holokausta i ne smije biti zaboravljeno.
"Potvrđujemo našu bliskost i solidarnost sa židovskim narodom, našom velikom braćom, i molimo se Bogu da nam sjećanje na prošlost i grijehe prošlosti pomogne da budemo uvijek budni naspram svakog oblika mržnje i nesnošljivosti", kazao je Papa tisućama vjernika okupljenim na Trgu sv. Petra.
Poglavar Rimokatoličke crkve zajamčio je dobre odnose sa židovima, a njegov izbor u ožujku pozdravile su židovske udruge diljem svijeta. Franjo je suautor knjige o međuvjerskom dijalogu s argentinskim rabinom Abrahamom Skorkom u vrijeme dok je obnašao dužnost nadbiskupa Buenos Airesa.