Limaja, danas zastupnika u kosovskom parlamentu i potpredsjednika Kosovske demokratske stranke (PDK) premijera Hashima Thacija, u svibnju 2012. je oslobodio europski sud na Kosovu, u prvom sudskom postupku za ista kaznena djela.
U studenome je kosovski Vrhovni sud, također pod nadzorom Misije EU-a (Eulex), naredio obnovu suđenja Fatmiru Limaju, pošto je poništio njegovu oslobađajuću presudu.
Europski sud je u prvostupanjskom postupku oslobodio Limaja i još devetoricu čelnika Oslobodilačke vojske Kosova (OVK) u predmetu zlostavljanja i ubojstva kosovskog civila i sedmorice srbijanskih ratnih zarobljenika 1999. u logoru blizu sela Klečke, nedaleko od prijestolnice Prištine.
Limaj koji je tada zapovijedao logorom koji su organizirali pobunjenici OVK-a, optužen je i da je "osobno zlostavljao" srbijanskog zarobljenika u istom zatvoru i naredio jednom od svojih ljudi da ubije dvojicu srbijanskih policajaca.
Na novom suđenju trebalo je više uzeti u obzir svjedočenje bivšeg zapovjednika OVK-a Agima Zogaja koji je bio zaštićen svjedok i koji je u vrijeme rata bio pod izravnim zapovjedništvom Fatmira Limaja. Zogaj je pronađen mrtav u Njemačkoj u rujnu. Njemačka policija je zaključila da je riječ o samoubojstvu.
Pošto je to svjedočenje bilo odbijeno u prvostupanjskom postupku, sudci su nakon ponovljena suđenja ocijenili da ono "nije potkrijepljeno vjerodostojnim i neovisnim dokazima" pa čak i da je "u opreci s drugim dokazima".
To je bilo prvi put da se visokom dužnosniku OVK-a sudi za ratni zločin pred mjesnim sudom. Kosovski rat u kojemu je poginulo 13.000 ljudi završio se u lipnju 1999. zračnim udarima NATO-a koji su primorali srbijanske snage da se povuku s Kosova.
Kosovo je 2008. proglasilo neovisnost od Srbije. Nekoliko mjeseci poslije Bruxelles je ustanovio misiju Eulex kako bi ojačao vladavinu zakona i pružio pomoć lokalnim pravosudnim instancama preuzimajući osjetljive predmete.