Tunel se sastoji iz glavne i servisne tunelske cijevi međusobno povezanih prolazima za pješake i interventna vozila. Duljina glavne tunelske cijevi iznosi 4.249 metara, dok je duljina servisne tunelske cijevi 4.255,62 m, a koristit će se za potrebe spašavanja i evakuacije sudionika u prometu.
Glavna tunelska cijev ima dva vozna traka ukupne širine kolnika 7,7 metara, a brzina vožnje kroz tunel ograničena je na 80 kilometara na sat.
Naplata cestarine za uporabu tunela Sv. Ilija obavljat će se sjevernoj strani tunela na naplatnoj postaji Biokovo.
Cestarine za prolazak kroz tunel za osobna vozila je 20 kuna. Po kategorijama vozila cestarina se kreće od 12 kuna za motocikle do 66 kuna za teške kamione s prikolicom i šlepere.
Iz Hrvatskih autocesta pritom napominju kako korisnici IA, I i II skupine vozila ostvaruju 60 posto popusta s pre-paid ENC-om. Primjerice, korisnik osobnog vozila (I skupina) s pre paid ENC-om će cestarinu od 20 kuna platiti 7,83 kune. Korisnik pre paid ENC-a prvo ostvaruje popust od 21,74 posto na uplaćeni iznos, a potom nakon svakog prolaska tunelom Sv. Ilija korisnik na svoj ENC račun dobiva povrat od 50 posto iznosa plaćene tunelarine, što u primjeru korisnika osobnog vozila iznosi 10 kuna.
Korisnici sezonskog ENC-a u razdoblju od 1. studenog do 31. ožujka imaju pogodnost neplaćanja drugog prolaska tunelom unutar 12 sati.
Od 1. travnja do 31. listopada korisnici sezonskog ENC-a za vozila IA, I i II skupine dobivaju na ENC račun povrat 50 posto iznosa plaćene cestarine za svaki prolazak tunelom.
Naplatna postaja Biokovo prva je u potpunosti automatizirna postaja Hrvatskih autocesta i ima šest naplatnih staza s po tri ulaza i izlaza.
Cestarina se na naplatnoj postaji Biokovo može platiti ENC uređajem ili na automatskoj blagajni, na kojoj se može plaćati kreditnim karticama, INA karticom, ubacivanjem kunskih kovanica i novčanica te očitavanjem invalidske kartice, a povrat novca je samo u kovanicama.