Benedikt XVI. je prihvatio ostavke velikog broja biskupa, osobito u zadnjim mjesecima papinske službe, a najnoviji primjer je ostavka škotskog kardinala Keitha O'Briena kojeg su svećenici optužili za "neprilično ponašanje".
Neke je biskupe razriješio službe zbog teškog neposluha ili zbog pogrješnog naučavanja. U prosjeku je razrješavao dva do tri biskupa na mjesec tijekom pontifikata, rekao je Marco Tosatti, vatikanist dnevnog lista La Stampa.
Papa, koji je u vrijeme Ivana Pavla II. dvadeset četiri godine bio čuvar katoličke dogme, temeljito je proučavao spise o imenovanju novih biskupa i nerijetko je odbijao kandidate koji nisu bili pogodni.
Više od pedeset biskupa razriješio je zbog teških povreda kanonskog zakona. Od lipnja 2010. Papa je osobito strogog suradnika našao u mons. Marcu Ouelletu, kardinalu iz Quebeca, novom pročelniku Kongregacije za biskupe.
Mons. Ouellet je imenovao mlađe, dinamične i stroge biskupe, odlučne da se uhvate ukoštac s reformama. Kanadski prelat koji uživa puno Papino povjerenje jedan je od izglednijih kandidata za novog papu.
2004. kardinal Ratzinger nije htio doći na svečanu misu u prigodi šezdesete obljetnice ređenje oca Marciala Maciela, osnivača Kristovih legionara koji je vodio dvostruki život i bio umiješan u pedofiliju.
Jednako je bio odlučan u slučaju bivšeg austrijskog kardinala Hans-Hermanna Groera, optuženog za pedofiliju. Rečenica "Koliko je nečistoće u Crkvi!" koju je Ratzinger izrekao 2005., nekoliko tjedana prije izbora za papu, ostala je glasovita.
Kada su za njegova pontifikata izbili pedofilski skandali, bivši promotor pravde zadužen za te slučajeve, mons. Charles Scicluna i drugi glasovi i Crkvi isticali su "nultu toleranciju" Josepha Ratzingera prema zlouporabama, njegovu svesrdnu potporu u borbi s pedofilijom i suradnju s pravosudnim vlastima.
Bio je među prvima koji su htjeli reagirati još dok je bio kardinal, ali su ga u tome priječili drugi prelati.
Teolog Hans Kueng i mreže nekadašnjih žrtava, poput američkog SNAP-a, misle naprotiv da nije otišao dalje od najava. Sumnjiče ga čak da je u vrijeme Ivana Pavla II. sudjelovao u prikrivanju skandala htijući spriječiti blaćenje ugleda Crkve. Te teze odlučno odbacuju pristaše Benedikta XVI.