On je na tom položaju zamijenio Fatmira Besimia koji je postao vicepremijer za eurointegracije, dužnost koju je dosad obavljala Teuta Arifi koja je postala kandidat za gradonačelnicu Tetova.
Svo troje članovi su Demokratske unije za integraciju (DUI), stranke makedonskih Albanaca i članice vladajuće koalicije koju predvodi VMRO-DPMNE premijera Nikole Gruevskog.
Ratne 2001. Džaferi se u snagama ONA-e borio protiv regularnih snaga sigurnosti Makedonije. Do izbora za ministra obrane, bio je zastupnik u Sobranju i voditelj makedonskog parlamentarnog izaslanstva u parlamentarnoj skupštini NATO-a.