Ne želeći ulaziti u pojedinosti spornih aranžmana, Jerneić je rekao kako je uprava u prvim mjesecima mandata, krajem 2009. godine u nekim poslovima uočila nepravilnosti u vođenju i administriranju i da je odmah promijenila čelne ljude i direktore tih poslova.
Jerneić ističe da eventualne nepravilnosti u drugim tvrtkama nisu mogle biti utvrđene internom revizijom te su o njima izvijestili mjerodavne institucije.
Na pitanje o razmjerima počinjene štete utvrđene internom revizijom kazao je da ima minormih šteta zbog sitnih otuđenja, ali da štete mogu biti i velike.
Zamoljen za komentar tvrdnji sindikata po kojima HŽ Infrastruktura za poslove koje mogu obaviti njezine tvrtke angažira vanjske kooperante, rekao je da za mandata trenutne uprave nije bilo vanjskih kooperantskih usluga osim kad su tvrtke kćeri potvrdile da nisu sposobne obaviti posao.
Današnji Novi list piše kako je interna revizija HŽ-a pored ostalog utvrdila da su u tvrtci Poslovi mehanizacije infrastrukture plaćali i prikazivali nepostojeću opremu te plaćali popravak otpisanih i demontiranih postrojenja i time oštetili HŽ za milijunske iznose.
Novi list navodi i slučajeve dvostrukog plaćanja istih računa privatnim tvrtkama, nabavku opreme koja uopće ne treba željeznici i druge nepravilnosti.