Na svom prvom pojavljivanju pred Haaškim sudom 25. srpnja Hadžić je iskoristio pravo da se ne izjasni o krivnji i nakon toga počeo je teći rok od 30 dana za novo ročište na kojem će se izjasniti o krivnji.
Hadžić je u međuvremenu zatražio od Haaškoga suda da mu plaća obranu jer tvrdi da sam to ne može i da mu odobri odvjetnika po njegovu izboru.
Haaški sud Hadžića tereti, po individualnoj i zapovjednoj odgovornosti, u 14 točaka optužnice za zločine protiv čovječnosti i povrede ratnog prava i običaja počinjene ubojstvom stotina i progonom tisuća Hrvata s okupiranih područja Hrvatske tijekom Domovinskog rata, te za niz drugih zločina.
Hadžića se tereti da je bio sudionik udruženog zločinačkog pothvata na čelu sa Slobodanom Miloševićem, čiji je cilj bio da se činjenjem zločina nasilno i trajno uklone Hrvati i drugo nesrpsko stanovništvo s jedne trećine hrvatskog teritorija koju su pod okupacijom držali pobunjeni Srbi uz pomoć Beograda.
Hadžić je uhićen 20. srpnja u Srbiji nakon sedam godina bijega, a dva dana kasnije izručen je Haaškome sudu.