U nedavnom intervjuu za Večernji list na novinarski upit bi li za hrvatsku selekciju mogao nastupiti igrač koji bi se deklarirao kao gay, Marković je odgovorio: "Dok sam ja predsjednik, sigurno ne". Također, na upit da li je susreo takvoga igrača u karijeri, Marković je kazao: "Ne, na svu sreću nogomet igraju samo zdravi ljudi".
Kasnije se Marković ispričao zbog svojih komentara, dodavši da mu nije bila namjera da nekoga uvrijedi.
UEFA je objavila da je pokrenula postupak protiv Markovića zbog sumnje da je prekršio pravila koja se tiču diskriminacije i ponašanja nogometnih dužnosnika. Naime, članak 11. Disciplinskog pravilnika predviđa sankcije za onoga koji vrijeđa dostojanstvo osobe ili skupine ljudi, dok članak 5. govori o povredi integriteta i sportskog duha. Ukoliko se utvrdi da je prekršio pravila koja se tiču diskriminacije i ponašanja nogometnih dužnosnika, Uefa može suspendirati Markovića sa svih nogometnih dužnosti.
Marković je već 12 godina predsjednik Hrvatskog nogometnog saveza, a u prosincu će na izbornoj skupštini pokušati dobiti četvrti mandat na čelu HNS-a, a protukandidat bi mu trebao biti Igor Štimac, član "vatrenih" koji su osvojili treće mjesto na SP 1998. i bivši predsjednik Udruge prvoligaša.