Mejakića, koji je obnašao dužnost zapovjednika zloglasnog logora Omarska, te Momčila Grubana, Dušana Fuštara i Duška Kneževića za zločine počinjene protiv nesrpskog stanovništva optužio je Međunarodni kazneni sud za bivšu Jugoslaviju (ICTY) no taj je predmet, sukladno "izlaznoj strategiji" Tribunala, potom prepušten Sudu BiH, a optuženici koji su bili u zatvoru u Scheveningenu su u svibnju ove godine prebačeni u Sarajevo.
U optužnici se precizira kako su Mejakić i ostala trojica izravno sudjelovali u sustavnom progonu i zarobljavanju civila te njihovom odvođenju u logore Omarska, Keraterm i Trnopolje. Navodi se kako su zatočenici tamo držani u nehumanim uvjetima te da su podvrgavani fizičkom i psihičkom zlostavljanju.
Mejakića se po zapovjednoj odgovornosti tereti za zločine nad oko tri tisuće zatvorenih u Omarskoj, a Grubana kao zapovjednika smjene za smrt četvorice zatočenika.
Dušan Fuštar, koji je također bio zapovjednikom smjene, optužen je za ubojstvo 20 zatvorenika, a Knežević kao bivši stražar za niz pojedinačnih slučajeva zlostavljanja i ubojstava.