Isaksson će zbog ozljede propustiti iduće dvije utakmice švedske vrste u kvalifikacijama za Europsko prvenstvo 2008. godine - na domaćem terenu protiv Španjolske (7. listopada), te tri dana kasnije na Islandu. Isaksson se nedavno oporavio nakon operacije stopala, zbog čega je propustio utakmice protiv Lihtenštajna i Latvije, a nova nesreća ga je zadesila na treningu Citya. Umjesto njega na vrata reprezentacije stati će jedinica Viborga, John Alvbage ili Rami Shaaban iz Fredrikstada.
Isaksson je ovog ljeta preselio iz francuskog Rennesa u Manchester City, no još nije odigrao niti jednu utakmicu za novi klub.