Policijski i obavještajni izvori tvrdili su da je on duhovni čelnik skupine Jamaa Islamia, povezane s Al Qaidom. Uhićen je tjedan dana nakon atentata na Baliju 2002. godine kada su poginule 202 osobe, a među njima veliki broj australskih državljana.
Sudske vlasti u prvom suđenju nisu uspjele dokazati njegovu izravnu povezanost s atentatima pa je osuđen zbog kršenja useljeničkih propisa. Kasnije je, zahvaljujući novom protuterorističkom zakonu, ipak dobio 26 mjesečnu kaznu za neizravnu povezanost u terorističkim djelatnostima.
Bashira su pred zatvorom u Džakarti dočekale stotine pristaša koje su pozdravile njegovo puštanje na slobodu.