Vjeran sebi i svojim ispadima, predsjednik Srpske radikalne stranke na konferenciji je optužio Haški sud da ga želi zaraziti smrtonosnom bolešću. U prošlosti, dok je svjedočio u korist Slobodana Miloševića, optuživao je suce ICTY-a da provode "sotonističke rituale", a glavnoj užiteljici Carli del Ponte upućivao je stalne uvrede.
Protiv Šešelja (53) u veljači 2003. podignuta je optužnica koja ga po 14 točaka tereti za zločine protiv čovječnosti i ratne zločine zbog "progona, ubojstava, mučenja, neljudskih djela i prisilnog preseljenja" ljudi.
Optužba ga tereti da je između kolovoza 1991. i rujna 1993. sudjelovao u "udruženom zločinačkom pothvatu" zajedno s Miloševićem, koji je u međuvremenu umro u haškom pritvoru, te s političkim i vojnim vođama bosanskih Srba Radovanom Karadžićem i Ratkom Mladićem, koji su još u bijegu.
Cilj tog zločnačkog pothvata bio je, prema optužnici, "silom protjerati većinu Hrvata, muslimana i drugih ne-Srba" s velikih područja Hrvatske, BiH i Vojvodine kako bi stvorili etnički homogenu "Veliku Srbiju".
Također ga se tereti da je oformio i ravnao srpskom paravojnom skupinom koja je sudjelovala u pokolju više od 250 civila evakuiranih iz vukovarske bolnice 1991.