Optužnica tereti Obradovića za progon Bošnjaka s područja stolačke općine te za mučenje i zlostavljanje zarobljenih civila Bošnjaka u mjesnoj bolnici u Stocu.
Više svjedoka optužbe izjavilo je u sudnici da su prepoznali optuženog Obradovića. Opisujući događaje oni su rekli da je Obradović tvrdim predmetom i palicom tukao zarobljene Bošnjake nanoseći im teške tjelesne ozljede.
Suđenje Niki Obradoviću prvi je sudski postupak u Hercegovini za tzv. slučaj stolačke bolnice u kojoj su bili smješteni zarobljeni stolački Bošnjaci. Haški tribunal je postupak protiv optuženog Obradovića proslijedio državnom tužiteljstvu BiH koje je, zatim, za vođenje ovog sudskog postupka ovlastilo Županijski hercegovačko-neretvanski sud u Mostaru.