Nowotny i vodstvo "Apotekara" posljednjih su mjeseci na ratnoj nozi zbog tužbe koju je bivši član "Elfa" podigao protiv kluba. Nowotny, čiju su karijeru narušile brojne ozljede koljena, tužio je klub redovnom sudu i zahtijevao da mu se isplate plaće za svih šest mjeseci koliko je bio ozlijeđen, a ne samo šest tjedana koliko mu je Bayer isplatio. Sud je u rujnu presudio u korist Bayera, Nowotny je potom podnio žalbu na takvu odluku, a Bayer ga izbacio iz momčadi. Situacija se primirila nakon što je igrač odustao od žalbe nakon čega su u klubu iz Leverkusena prihvatili njegov povratak u momčad.
Međutim, zbog narušenog odnosa, Nowotny će na koncu ove sezone napustiti Leverkusen.
"Nestalo je povjerenja između Jensa i čelnika kluba, zbog toga je najbolje da promijeni sredinu. Ne strahujem za njegovu karijeru, već sada ima nekoliko sjajnih ponuda," istaknuo je njegov menadžer George Bischoff.