Žalbeno vijeće, pod predsjedanjem suca Fausta Pocara, u svojoj je presudi potvrdilo odluku raspravnog vijeće kojom je utvrđena Stakićeva (44) odgovornost za istrebljenje, ubojstva i progon nesrpskog stanovništva u Prijedoru 1992.
U etničkom čišćenju Prijedora i okolice ubijeno je oko 3.000 Bošnjaka i Hrvata, posebno u koncentracijskim logorima Omarska, Keraterm i Trnopolje. Raspravno vijeće utvrdilo je Stakićevu odgovornost za 1.500 ubojstava, uz poimence navedenih 486 žrtava.
Žalbeno vijeće utvrdilo grešku prvostupanjskog vijeća jer nije proglasilo krivim Stakića za deportacije i prisilno premještanje nesrpskog stanovništva.
Žalbeno vijeće suglasilo s odlukom raspravnog vijeća da se Stakića oslobodi optužbe za genocid i sudjelovanje u genocidu.
Žalbeno vijeće također je utvrdilo neke greške u odmjeravanju kazne, uz ocjenu da su one imale samo ograničeni utjecaj.
Izričući Stakiću ukupnu kaznu od 40 godina umjesto kazne doživotnog zatvora, do sada jedine izrečene u praksi ICTY-a, vijeće je ukinulo dispozitiv prvostupanjske presude u dijelu koji se odnosi na mogućnost da se pred sudom zemlje u kojoj će izdržavati kaznu, ona preispita nakon određenog vremena.
Stakiću će se u izdržavanje kazne uračunati vrijeme provedeno u pritovru od 23. ožujka 2001.
Na prvostupanjsku presudu Stakiću, koju je 31. srpnja 2003. izreklo vijeće pod predsjedanjem njemačkog suca Wolfganga Schomburga, žalile su se obje strane. Branitelji su isticali da je kazna "nerazmjerna" u odnosu na dotadašnju praksu ICTY-a i preoštra obzirom na okolnosti, dok se optužba žalila zbog odbacivanja optužbe za genocid.
Milomir Stakić jedan je od osmorice optuženika ICTY-a osuđenih za ratne zločine u Prijedoru. Ostali su većinom bili zapovjednici i stražari u spomenutim logorima - Damir Došen (5 godina); Darko Mrđa (17 godina); Dragoljub Prcać (5 godina); Mlađo Radić (20 godina); Duško Sikirica (15 godina); Duško Tadić (20 godina) i Zoran Žigić (25 godina zatvora).