Jankovićev predmet je odlukom Haaškog tribunala predan Sudu BiH, a on je iz Scheveningena prebačen u pritvor u Sarajevu 8. prosinca 2005. godine.
Na temelju revidirane optužnice Jankovića se sada tereti za kazneno djelo zločina protiv čovječnosti iz članka 172. Kaznenog zakona BiH.
U optužnici je navedeno kako je Janković u razdoblju između travnja 1992. i veljače 1993. godine, kao zapovjednik paravojne skupine povezane s Fočanskom brigadom Vojske Republike Srpske, sudjelovao u širokom i sustavnom napadu na nesrpsko stanovništvo na području Foče.
Jankovića se izravno tereti da je sudjelovao u zarobljavanju, seksualnom zlostavljanju i ubijanju zarobljenika bošnjačke nacionalnosti.