Suđenje Miloševiću 12. veljače 2002. otvorila je glavna haška tužiteljica Carla Del Ponte riječima kako se ne sudi narodu nego vlastohlepnom pojedincu odgovornom za neizrecive patnje stotina tisuća ljudi.
"Izvanredan taktičar i strateg Milošević je išao prema ostvarenju svojih ambicija na račun patnji onih koji su stvarali prijetnju njegovim interesima... Ne treba tražiti ideale u njegovim djelima... ono što je motiviralo Slobodana Miloševića je želja za vlašću", rekla je u uvodnoj riječi Del Ponte započinjući dugotrajni postupak izlaganja dokaza protiv bivšeg jugoslavenskog predsjednika pred Međunarodnim sudom za ratne zločine u Haagu.
Milošević je bio optužen za genocid u BiH te zločine protiv čovječnosti u Hrvatskoj i na Kosovu.
Dokazni postupak optužbe trajao je dvije godine. Tužitelji su u 300 radnih dana izveli 298 svjedoka, među kojima su bili brojni sadašnji i bivši politički čelnici iz regije, međunarodni predstavnici, dužnosnici mirovnih snaga UN-a i neposredni očevici i žrtve zločina.
Na klupi za svjedoke tužiteljstva smjenjivali su se vodeći političari regije od hrvatskog predsjednika i posljednjeg predsjednika SFRJ Stjepana Mesića, bivšeg slovenskog predsjednika Milana Kučana, preko člana Predsjedništva BiH Sulejmana Tihića i nekadašnjeg hrvatskog člana Predsjedništva BiH Stjepana Kljujića do posljednjeg predsjednika vlade nekadašnje SFRJ Ante Markovića.
Protiv Miloševića progovorio je i niz njegovih suradnika, pa tako i njegov prethodnik na čelu SRJ Zoran Lilić, nekadašnji predsjednik Predsjedništva SFRJ Borisav Jović, načelnik kontraobavještajne službe JNA Aleksandar Vasiljević. Ključne dokaze pružili su i najbliži Miloševićevi suradnici iz SDB-a i MUP-a Srbije, Radomir Tanić, Radomir Marković i Dragan Karleuša, kao i bivši vođa hrvatskih Srba Milan Babić, koji je 5. ožujka izvršio samoubojstvo. Protiv Miloševića svjedočio je i Dragan Vasiljković, poznatiji kao "kapetan Dragan" - suradnik Službe državne sigurnosti (SDB) Srbije, koji je obučavo i vodio specijalne snage u Kninu.
Svjedoci su u iskazima razotkrivali Miloševića kao stvarnog naredbodavca etničkog čišćenja. Babić i drugi svjedoci, opisali su punu vojnu, političku i financijsku upletenost Srbije, njezinih snaga i službi u zločine u Hrvatskoj, Kosovu i u BiH, te Miloševićevu punu kontrolu nad razvojem događaja.
Krajem rujna 2002. počeo je hrvatski dio dokaznog postupka u kojem su iskaz dali, uz predsjednika RH Stjepana Mesića, i niz drugih svjedoka uključivši bivšeg ministra obrane RH Petra Kristu, Hrvoja Šarinića, dugogodišnjeg predstojnika ureda hrvatskog predsjednika Franje Tuđmana, ratnog zapovjednika obrane Dubrovnika generala Nojka Marinovića, savjetnika predsjednika Republike Hrvatske za nacionalnu sigurnost Imre Agotića, bivšeg šefa crnogorske diplomacije Nikole Samardžića do srpskih novinara i obavještajaca, pripadnika srpskih snaga i hrvatskih branitelja.
Predsjednik Mesić u trodnevnom je iskazu objasnio kako je Milošević instrumentalizirao Predsjedništvo SFRJ, JNA i Srbe u Hrvatskoj radi oduzimanja hrvatskih teritorija i pripajanja "Velikoj Srbiji".
Međunarodnu zajednicu su na klupi za svjedoke optužbe predstavljali, među ostalima, i bivši zapovjednik NATO-a Wesley Clark, zatim Herbert Okun, veteran američke diplomacije koji je početkom '90-ih godina bio zamjenik Cyrusa Vancea, posebnog izaslanika glavnog tajnika UN, bivši američki ambasador u RH Peter Galbraith, lord David Owen, nekadašnji mirovni posrednik EU za bivšu Jugoslaviju.
Suđenje je počelo pod predsjedanjem britanskog suca Richarda Maya, koji se tijekom postupka povukao i potom preminuo od tumora na mozgu. Njega je u vijeću zamijenio škotski sudac lord Iain Bonomy, na čelu sudskog vijeća Patrick Lipton Robinson. Glavni tužitelj u predmetu bio je Geoffrey Nice.
Milošević koji se od početka procesa branio sam, ne priznavajući ni sud ni optužnicu, od 31. kolovoza 2004. vodio je dokazni postupak obrane za koji mu je sud odobrio 150 radnih dana . Iako je najavio više od 1.600 svjedoka, uključujući i brojne svjetske državnike, Milošević je do trenutka smrti iskoristio skoro 90 posto vremena ispitavši samo 50-ak svjedoka većinom vezanih uz optužnicu za Kosovo.
Sa suđenja, čiji je početak u Haagu okupio desetke televizijskih ekipa i stotine akreditiranih novinara, posljednjih dana izvještavalo je tek nekolicina novinara iz regije.