Nikolić (51) je optužen je u šest točaka po osobnoj i zapovjednoj odgovornosti za genocid, istrebljenje, ubojstva, nehumano postupanje i progon na političkoj, rasnoj i vjerskoj osnovi.
Kao načelnik sigurnosti Bratunačke brigade vojske Republike Srpske, u srpnju 1995. sudjelovao je u organiziranju transporta i likvidacija tisuća Bošnjaka zarobljenih nakon pada Srebrenice.
Na temelju sporazuma s Tužiteljstvom, 7. svibnja 2003. priznao je krivnju za progon kao zločin protiv čovječnosti, a optužba za genocid i ostale točke optužnice su povučene.
Raspravno vijeće, pod predsjedanjem kineskog suca Liu Daquna, 2. prosinca 2003. izreklo mu je kaznu od 27 godina zatvora, najvišu kaznu koja je do sada izrečena nekom od haških optuženika koji su priznali krivnju. Nikolić je 30. prosinca podnio žalbu na presudu, ističući među žalbenim navodima i činjenicu da je dosuđena kazna viša od one koju je tražila optužba.