Odmah na početku dogodio se incident kada je Moussaoui izbačen iz sudnice nakon što je odbacio svoje branitelje i kritizirao suđenje.
"Ja sam al Qaida, oni me ne predstavljaju. Oni su Amerikanci", rekao je optuženik o svojim braniteljima.
"Ovo suđenje je cirkus", vikao je dok su ga izvodili iz sudnice po nalogu sutkinje Leonie Brinkema.
Moussaoui je jedina osoba optužena u Sjedinjenim Država u vezi s terorističkim napadima na Washington i New York 11. rujna 2001. u kojima je poginulo oko 3.000 ljudi. On je prošle godine izjavio da se osjeća krivim za zavjeru priznajući da je došao u SAD kako bi sudjelovao u al Qaidinim napadima, ali niječe da je znao išta određeno o napadima 11. rujna.
Premda je Moussaoui, 37-godišnji Francuz marokanskog podrijetla, bio u zatvoru 11. rujna 2001. američke vlasti ga krive za tada izgubljene živote i traže za njega smrtnu kaznu.
Priznajući krivnju prošloga travnja, Moussaoui je obećao da će se grčevito boriti protiv smrtne kazne.
Porota će tijekom suđenja, koje bi moglo potrajati nekoliko mjeseci, odlučiti hoće li Moussaoui biti pogubljen smrtonosnom injekcijom ili će dobiti kaznu doživotnog zatvora bez prava na pomilovanje.
Tužiteljstvo tvrdi da je on mogao spriječiti napade 11. rujna samo da je priznao planove al Qaide dok je bio u zatvoru u Minnesoti u kolovozu 2001. nešto prije napada, nakon što je prekoračio vrijeme boravka u SAD-u koje mu je dopuštala viza.
Moussaoui je izazvao sumnje zbog obuke na simulatorima za upravljanje zrakoplovima Boeing 747 mada nije imao pilotsku dozvolu.
Tužiteljstvo je odustalo od raširene pretpostavke da je Moussaoui možda bio 20. otmičar zrakoplova u napadima 11. rujna koji je izostao samo zato što je uhićen mjesec dana ranije.
Umjesto toga zastupaju alternativnu pretpostavku, koju je sam Moussaoui priznao, da je on namjeravao na zahtjev Osame bin Ladena srušiti zrakoplov na Bijelu kuću u drugom valu napada na SAD.