Tijekom rata u Bosni i Hercegovini Ljubičić je bio zapovjednik IV. bojne Vojne policije HVO-a, a prema navodima optužnice ta pozicija činila ga je časnikom s najvišim činom na području središnje Bosne u vrijeme kada su pripadnici HVO-a počinili zločine nad Bošnjacima iz Viteza i Busovače.
Optužnicu protiv Paška Ljubičića podigao je Međunarodni kazneni sud za bivšu Jugoslaviju (ICTY) i u njoj se, među ostalim, navodi kako su stotine Bošnjaka zatočenih u zatvorima HVO-a u Vitezu i Busovači tijekom 1993. godine fizički i psihički zlostavljani.
Ljubičića se također izravno tereti za zločine počinjene u Ahmićima te u selima Nadioci, Pirići i Šantići gdje je u travnju 1993. godine ubijeno oko 100 Bošnjaka.
Paško Ljubičić nakon višegodišnjeg skrivanja pred Haaškim tribunalom predao se u studenome 2001. godine.
U travnju 2006. godine ICTY je donio odluku o prepuštanju njegovog slučaja Sudu BiH nakon čega je prebačen u pritvor u Sarajevo, a optužnica prilagođena domaćem zakonodavstvu.
Na posljednjoj statusnoj konferenciji održanoj u ožujku najavljeno je kako će dokazni postupak optužbe trajati dva mjeseca.
Tužiteljstvo je predložilo čak 56 svjedoka a za 20 njih zatražene su posebne mjere zaštite.