Istragu protiv Brajše zbog toga je, početkom ožujka zatražilo zagrebačko Općinsko državno odvjetništvo. Istražni sudac Boris Ivančić, pred kojim se Brajša danas branila šutnjom, odluku o pokretanju istrage donijet će početkom sljedećeg tjedna, kazao je glasnogovornik suda i šef Istražnog odjela Krešimir Devčić.
Brajšin odvjetnik Silvije Degen kazao je da se Brajša uopće ne osjeća krivom te da će se do kraja braniti šutnjom.
Tužiteljstvo 72-godišnju Brajšu sumnjiči da je odgovorna jer od početka 2001. do kraja 2004. kao ravnateljica Caritasa nije ustrojila i vodila poslovne knjige radi obračunavanja i plaćanja poreza na dohodak te doprinosa za mirovinsko i zdravstveno osiguranje i za zapošljavanje. Tereti ju se i da je djelatnicima računovodstva davala naloge da se prijave i plaćanja poreza i doprinosa ne izvrše u cijelosti. Time je, tvrde u tužiteljstvu, za Caritas nezakonito priskrbila oko 2,7 milijuna kuna, odnosno za toliki iznos je oštetila državni proračun.
Tužiteljstvo je Brajšu prijavilo za povredu obveze vođenja trgovačkih i poslovnih knjiga te zlouporabu ovlasti u gospodarskom poslovanju.
Predistraga protiv Brajše pokrenuta je početkom srpnja 2005., nakon napisa u tisku o njezinom navodnom nezakonitom stjecanju imovine.
Krajem lipnja prošle godine tužiteljstvo je zaprimilo izvješće Porezne uprave koja je otkrila nepravilnosti u poslovanju Caritasa, pa je od policije i poreznika zatražilo dodatni nadzor.
Kaptol je u ožujku prošle godine objavio da je vizitacija u Caritasu utvrdila propuste u financijskom i knjigovodstvenom poslovanju, ali ne i pronevjere. Vizitaciju je osam mjeseci ranije, nakon izbijanja afere o zlostavljanju djece u Caritasovu domu u Brezovici, naložio zagrebački nadbiskup kardinal Josip Bozanić.
U jeku afere oko seksualnog zlostavljanja u Caritasovom domu u Brezovici, kardinal Bozanić je Brajšu u kolovozu 2005. razriješio dužnosti zbog, kako je tada rečeno, zdravstvenih razloga.