Kako je u četvrtak za Hrvatski radio Herceg Bosna rekao, Komšić je također tražio utvrđivanje istine o skupini istaknutih Hrvata Bugojna koji su u tom gradu nestali u vrijeme ratnih hrvatsko-bošnjačkih sukoba nakon čega se o njihovoj sudbini ništo ne zna.
Komšić se posebice osvrnuo na "slučaj Šantić" rekavši kako ima saznanja da postoje, kako je istaknuo, "ozbiljni propusti" u dosadašnjoj istrazi koja nije dala rezultate u otkrivanju istine o nestanku generala Šantića. Od Tužiteljstva BiH se očekuje da angažira i policijska tijela radi utvrđivanju istine o nestanku generala Šantića i kažnjavanja krivaca za njegov nestanak, rekao je Komšić.
Hrvatski dužnosnici u BiH povremeno su u proteklih 12 godina, otkako je u Bihaću nestao general Šantić, u svojim istupima odgovornost za taj nestanak svaljivali na generala Atifa Dudakovića koji je u to vrijeme (1995.) bio zapovjednik Petog korpusa Armije BiH.
U vezi nestanka skupine uglednih bugojanskih Hrvata, nedavno su Udruge proistekle iz domovinskog rata HVO-a okrivile novoimenovanog ministra obrane u Vijeću ministara BiH Selmu Cikotića. Ove Udruge su tražile da se spriječi Cikotićevo imenovanje na dužnost ministra obrane BiH jer je on, po njihovim tvrdnjama, kao zapovjednik operativne zone Bugojna u Armiji BiH u vrijeme hrvatsko- bošnjačkih sukoba, odgovoran za nestanak Hrvata u tom gradu.