"Mi priznajemo kako pišemo ovo izvješće u vrijeme kada su naš vlastiti dosje, i akcije koje smo poduzeli kao odgovor na terorističke napade protiv nas, dovedeni u pitanje", navodi State Department u uvodu izvješća i dodaje kako "Sjedinjene Države ostaju predane stalnom unaprijeđivanju ljudskih prava".
Ocjenjuje se kako izvješća iz pojedinih zemlja za 2006. govore o "postojanju ohrabrujućih trendova ali i otrežnjujućoj realnosti". Dok su neke zemlje ostvarile značajan napredak, druge zaostaju ili se stanje u njima pogoršava.
Također je ocijenjeno kako se širi svijest o tome da je demokracija oblik vladavine koji najbolje udovoljava zahtjevima građana za dostojanstvom, slobodom i jednakošću.
Na 18 stranica izvješća koje se odnose na Hrvatsku, u uvodu se navodi kako "vlada općenito poštuje ljudska prava svojih građana, no postoje problemi u nekim područjima".
Na prvom mjestu navode se problemi u hrvatskom pravosuđu, nagomilani broj neriješenih predmeta te zastrašivanje svjedoka u domaćim sudskim postupcima za ratne zločine, pri čemu se izdvaja predmet Branimira Glavaša.
Također se kaže kako je vlada ostvarila mali napredak u vraćanju nacionalizirane imovine nerimokatoličkim vjerskim zajednicima, posebno pravoslavnoj crkvi.
Hrvatska vlada, ocjenjuje se, nije u cijelosti provela program osiguravanja stambenog prostora za srpske izbjeglice koje su izgubile stanarsko pravo.
Ističe sa kako nevladine udruge bilježe značajno opadanje nasilja protiv Srba, ali da društveno nasilje i diskriminacija protiv etničkih manjina, posebno Srba i Roma, ostaju problem. U tom je kontekstu spomenuto i kako se u školstvu nastavlja segregacija romskih učenika.
Za Ustavni zakon o nacionalnim manjinama iz 2002. kaže se da je uglavnom ostao neprimijenjen, posebno dio o zapošljavanju manjina u javnim službama.
Nasilje i diskriminacija nad ženama se nastavljaju, a trgovina ljudima ostaje problem, ocjenjuje State Department.
Također se ističe kako su u 2006. vlada i posebice državno odvjetništvo pokazali volju da procesuiraju ratne zločine koje su počinili Hrvati, te nastavili snažnu suradnju s Haškim sudom (ICTY). Iako su Srbi i dalje većina procesuiranih osoba za ratne zločine, međunarodni promatrači ocjenjuju kako optuženi Srbi imaju veće izglede za pošteno suđenje nego prije.
State Department u ostatku izvješća o ljudskim pravima za 2006. ističe pogoršanje stanja u Kini s brojnim slučajevima zlostavljanja, zatočenja i pritvaranja političkih i vjerskih aktivista, novinara, pisaca i odvjetnika koji brane disidente. Također se ukazuje na nastavljeni pritisak na nevladine udruge, vjerske i etničke manjine.
Za Rusiju je istaknut nastavak koncentracije moći u rukama izvršne vlasti, uz minorizaciju parlamenta i političkih stranaka, politički pritisak na pravosuđe, restrikcije prema nevladinim udrugama i medijima te nastavak ozbiljnog kršenja ljudskih prava u Čečeniji i drugim područjima sjevernog Kavkaza.
Iako je SAD 2003. opravdao invaziju na Irak dijelom i zbog kršenja ljudskih prava pod režimom Sadama Huseina, State Department u izvješću navodi kako pogoršanje sektaškog nasilja i terorizam onemogućuju svaki napredak na području ljudskih prava.
Također se ističe uloga šijitskih milicija bliskih vladi i snaga sigurnosti u zločinima, posebno u likvidacijama i mučenjima koje vrše odredi smrti.
U izvješću se ističe i "jadno stanje ljudskih prava" u Afganistanu, drugoj zemlji na koju su SAD izvršila invaziju, još 2001. godine.
Među ostalim zemljama ozloglašenim po kršenju ljudskih prava svojih građana, posebno je izdvojen Sudan zbog genocida u pokrajini Darfur, gdje je do kraja 2006. zabilježeno najmanje 200.000 ubijenih i dva milijuna raseljenih osoba.