Barroso, koji će dužnost preuzeti 1. studenoga od sadašnjeg predsjednika Romana Prodija dobio je povjerenje 413 zastupnika, uz 251 glas protiv i 44 suzdržana.
Predstavnici zelenih, jedan dio socijalista i komunista ranije je upozorio da ne namjerava dati glasove Barrosu, posebno zbog potpore koju je pružio pokretanju rata u Iraku i oštrih mjera u politici štednje koju je nametnuo u Portugalu tijekom posljednje dvije godine na premijerskoj funkciji. No, britanski, njemački i španjolski socijalisti, zajedno s predstavnicima konzervativne Europske pučke stranke te politički blokovi liberala i demokrata svoje su glasove dali Barrosu kojega su na to mjesto jednoglasno nominirali čelnici EU-a.
Barroso je nakon glasovanja u EP rekao novinarima da će se boriti za "zajedničku viziju Europe" i naglasio da se namjerava angažirati na "izgradnji dinamične koalicije" za dobrobit Europe.
Sigurno ću se truditi na našem međusobnom povezivanju", izjavio je Barroso. "EU ne može funkcionirati uz pomoć autopilota. Potrebno joj je snažno političko vodstvo koje će pokazati političku neustrašivost", rekao je bivši portuglaski premijer uz pljesak odobravanja zastupnika Parlamenta.
Barroso nije pobijedio većinom kakvu je 1999. dobio Prodi, no njegova je pobjeda bila uvjerljivija od one bivšeg luksemburškog premijera Jacquesa Santera koji je na to mjesto imenovan 1994. Barroso je, baš kao i tada Santer, bio kompromisan izbor dogovoren na hitnom summitu čelnika Unije koji se dugo nisu mogli složiti oko izbora jednoga od dvojice vodećih kandidata.