Vrhovni sud je zanijekao pravo Bushove administracije da neograničeno drži u zatvoru neprijateljske borce, bili oni stranci ili američki građani, bez pristupa sudu ili odvjetnicima.
U jednoj presudi Sud je rekao da se nekih 600 osumnjičenih terorista zatočenih u američkoj vojnoj bazi u Guantanamo Bay na Kubi mogu na američkim sudovima staviti u pitanje svoje zatočenje.
Vrhovni sud je odbacio tvrdnju američke administracije da američki sudovi nemaju jurisdikciju nad tim zatvorenicima ustvrdivši da je Guantanamo pod kontrolom SAD-a i time pod sudskim ovlastima američkog pravosuđa.
U drugoj presudi Sud je kazao kako američki državljanin Yaser Hamdi, uhićen u Afganistanu kao pomagač Talibana koji je u vojnom zatvoru bez optužnice, ima pravo na sudu pokušati dokazati da nije neprijatelski borac i pravo na odvjetnika.
"Sjedinjene Države ne mogu više držati uhićenike u 'zoni slobodnoj od prava'. Oni se sada mogu pojaviti pred sudom", rekao je Jamie Fellner iz američke organizacije za ljudska prava Human Rights Watch. "Nakon otkrića mučenja i zlostavljanja u Abu Ghraibu i drugdje, izgleda da Vrhovni sud nije bio raspoložen dati admnistraciji odriješene ruke".
Vrhovni sud je, međutim, u slučaju Hamdija potvrdio pravo predsjednika Busha da ga zatvori kao neprijateljskog borca rekavši da mu je te ovlasti dao američki Kongres u odgovoru na terorističke napade 11. rujna 2001.
U trećem slučaju američkog državljanina Josea Padillae Vrhovni sud je presudio samo o proceduri rekavši da je njegova pritužba krivo imenovala ministra obrane Donalda Rumsfelda umjesto vojnog zapovjednika zatvora u Južnoj Carolini gdje je Padilla već dvije godine.
Sud je odbio presuditi o biti toga slučaja, da li predsjednik ima ustavne ili od Kongresa dane ovlasti da drži u zatvoru kao neprijateljskog borca bez optužnice američkog državljanina uhićenog na američkom tlu, daleko od svake bojišnice.