Sonda se trebala na Mars spustiti u prosincu i potom podatke poslati orbitalnoj letjelici Mars Express, no 19. prosinca izgubio se svaki kontakt sa sondom. Uslijedila su razna objašnjenja, od toga da je upala u duboki krater na Marsu, izgorjela ili se zaplela u vlastite zračne komore i padobranski mehanizam.
Istraga ESA-e zaključila je kako je u projekt investirano premalo novca, tek 88 milijuna dolara, no znanstveni direktor ESA-e David Southwood to poriče.
"Nikad sa sigurnošću nećemo znati što je krenulo po zlu. Možda će se tek pojaviti novi dokazi... možda će jednog dana Europljani hodati po Marsu i pronaći Beagle", kazao je Southwood.
Vodeći znanstvenik za projekt Beagle 2, Colin Pillinger, tvrdi da su "ljudi potpomogli projekt s onoliko novca s koliko su mogli", te da su u tom trenutku imali na raspolaganju "svu znanost, najbolje inženjere i najbolji mogući tim". On je ESA-i uputio zahtjev da što prije odluči na Mars poslati na novu sondu i tako pruži novu priliku inženjerima.