Prvotna optužnica protiv njega potvrđena je 8. lipnja 2001., a otpečaćena 26. lipnja 2001., od kada je u bijegu.
Izmijenjena optužnica potvrđena je 24. veljače 2004. a objavljena 8. ožujka 2004.
U izmijenjenoj optužnici navodi se da je od 4. kolovoza 1995. do 15. studenog 1995., Hrvatska izvela vojnu ofenzivu poznatu kao "Oluja", s ciljem vraćanja regije Krajine.
U optužnici se navodi da je Ante Gotovina s drugima, uključujući Ivana Čermaka, Mladena Markača i predsjednika države Franju Tuđmana, sudjelovao u udruženom zločinačkom pothvatu, čiji zajednički cilj je bio prisilno i trajno uklanjanje srpskog stanovništva iz regije Krajine, između ostalog pljačkanjem, oštećivanjem ili potpunim uništavanjem imovine srpskog stanovništva, kako bi se pripadnike tog stanovništva odvratilo ili spriječilo da se vrate i ponovno nastane u svojim domovima.
Dalje se navodi da su tijekom operacije "Oluja" i nakon nje, hrvatske snage napale gradove, sela i zaseoke u južnom dijelu regije Krajina i nad njima preuzele kontrolu.
Na osnovi zapovijedi Ante Gotovine, te su snage izvršile djela navedena u optužnici. Prema optužnici, Ante Gotovina je tim djelima i propustima potakao druge, uključujući hrvatske civile, da i oni počine djela koja su navedena u optužnici. Nadalje, optuženik je bio dužan ponovno uspostaviti i osigurati javni red i sigurnost, a tu je svoju dužnost propustio izvršiti.
Navodi se da su hrvatske snage počinile brojna kršenja međunarodnog humanitarnog prava, uključujući ubojstva najmanje 150 krajiških Srba te pljačku i uništavanje imovine, prisiljavajući na taj način krajinske Srbe da bježe.
U optužnici se navodi da je Ante Gotovina, zapovjednik Operativne zone Split Hrvatske vojske (HV) od 9. listopada 1992. do ožujka 1996. bio je vrhovni operativni zapovjednik tog dijela operacije "Oluja". Kao takav, Ante Gotovina vršio je de jure i de facto zapovjedništvo i nadzor nad svim hrvatskim snagama tijekom operacije .
Gotovina se u optužnici tereti po osobnoj i zapovjednoj odgovornosti u četiri točke za zločine protiv čovječnosti zbog progona na političkim, rasnim i vjerskim osnovama, deportacije i prisilnog preseljenje i druga nehumana djela.
U tri točke tereti se za kršenje ratnog prava i običaja zbog ubojstva, pljačke javne ili privatne imovine i bezobzirnog razaranje gradova, naselja ili sela.
Tužiteljstvo ICTY-a ranije je najavilo namjeru da predmet protiv generala Gotovine objedini s onim protiv generala Ivana Čermaka i Mladena Markača, koje se tereti za ista kršenja međunarodnog humanitarnog prava po istoj činjeničnoj osnovi, te da im održi zajedničko suđenje.