U dokumentu stoji kako se Ivica Rajić slaže da bi dokaznim materijalom Tužiteljstvo dokazalo izvan svake razumne sumnje sljedeće:
"Sve vrijeme na koje se odnosi izmijenjena optužnica (1. listopada 30. prosinca 19993.), u BiH je postojalo stanje međunarodnog oružanog sukoba u kojem je učestvovala Republika Hrvatska kao nezavisna država i njezina vlada, oružane snage i predstavnici u oružanom sukobu protiv bosanskih Muslimana, na teritoriju BiH kao nezavisne države", navodi se u činjeničnoj osnovi. Dodaje kao su zločini počinjeni su tom kontekstu i u vezi s tim konfliktom.
Rajić je priznao krivnju po četiri točke za teške povrede Ženevskih konvencija iz 1949. koje se odnose na zaštitu civila i zarobljenika u međunarodnim sukobima. Također se obvezeo na "punu i značajnu suradnju" s Tužitljeljstvom koje je zauzvrat odustalo od ostalih šest točaka optužnice i suglasilo se s kaznom u rasponu od 12 do 15 godina zatvora.
Činjenična osnova Rajićeva sporazuma sadrži navode i priložene dokumente koji za poticanje na zločine i njihovo prikrivanje terete njegove nadređene u zapovjednoj liniji HVO, uključujući Tihomira Blaškića te zapovjednike HVO-a generala Milivoja Petkovića i Slobodana Praljka. Također se terete i njemu podređeni zapovjednici postrojbi HVO-a, kao što je kiseljačka brigada Ban Josip Jelačić te specijalne jedinice "Maturice" i "Apostoli" i opisuje njihova uloga u zločinima u Stupnom Dolu i Varešu.
Među ostalim navode se zapovjedi, poput Praljkove: "Srediti situaciju u Varešu bez milosti prema bilo kome. Nađite ljude dorasle vremenu i zadacima", izvješća Rajića nadređenima poput "grad Vareš očišćen. Svi vojno sposobni Muslimani stavljeni pod prismotru" i slično.
Opisana je i zapovjed Petkovića prema kojoj je Rajić, nakon zločina u Stupnom Dolu 23. listopada 1993. promijenio ime u Viktor Andrić, uz što su priložene odluke generala Tihomira Blaškića kojom se pukovnika Rajića "zbog iskazanih slabosti" razrješuje a pukovnika Andrića istodobno imenuje na dužnost zapovjednika HVO-a u Kiseljaku.
Petkovićevim zapovjedima dokumentirana je i lažirana istraga SIS-a o zločinima u Stupnom Dolu i Varešu, "kako bi se zadovoljila međunarodna zajednica".
Činjenična osnova sadrži i opis više drugih zločina u općinama Kiseljak, Vareš i Kakanj, koje su pripadale Rajićevoj zoni odgovornosti.