Ministarstvo kulture i Grad Zagreb s podjednakim sredstvima financiraju izgradnju.
Prvi put sam na gradilištu, impresioniran sam ne samo veličinom objekta nego i njegovom arhitektonikom, rekao je premijer Sanader, ističući da će muzej sigurno biti jedno od najzanimljivijih arhitektonskih ostvarenja u Hrvatskoj. Dodao je da bi izgradnja muzeja mogla biti poticaj daljnjem razvoju Zagreba preko Save gdje bi se moglo izgraditi još nekoliko važnih kulturnih objekata.
Premijer je istaknuo ulogu ministra Biškupića i gradonačelnika Milana Bandića u nastojanjima oko izgradnje muzeja rekavši da se na tom primjeru očituje vrlo dobra suradnja između središnje državne vlasti i Grada Zagreba. Tako će biti i u drugim hrvatskim gradovima i županijama gdje god postoje dobri projekti, poručio je premijer Sanader.
Ministarstvo kulture i Grad Zagreb sklopili su u svibnju 2001. Sporazum o izgradnji zgrade Muzeja suvremene umjetnosti. U veljači 2003. započeta je izgradnja koja bi prema sadašnjim planovima trebala biti završena do kraja 2007.
Zgrada MSU-a gradi se prema projektu arhitekta Igora Franića, zauzima površinu od 14.500 četvornih metara od čega je za izložbene prostore predviđeno 4.800 četvornih metara.
Izgradnja će s kompletnom opremom i pristupnim cestama koštati 320 milijuna kuna.