Flores je u ovoj sezoni vodio Getafea, a za "Šišmiše" je potpisao ugovor na pet godina.
"Sretan sam što sam dobio priliku voditi ovako ugledan klub," poručio je Flores, bivši igrač Valencie i Real Madrid. Na klupi će naslijediti Antonio Lopeza, koji je dobio priliku nakon što je u veljači Claudio Ranieri dobio otkaz. Međutim, pod njegovim vodstvom bivši španjolski prvak nije briljirao. Sezonu su okončali na skromnom sedmom mjestu i iduće sezone igrat će u Intertoto kupu.
Istovremeno s trenerom na Mestallu je došao i brazilski internacionalac Edu nakon što mu je istekao ugovor s Arsenalom.